Pasar de un data.frame a GRanges

La librería GenomicRanges ofrece una función para convertir un data.frame en un objeto de tipo GRanges, de forma rápida y sencilla: makeGRangesFromDataFrame()

Tenemos un dataFrame, en este caso con una lista de genes, por lo tanto, representando rangos de datos:

A partir de este objeto vamos a crear un objeto GRanges para poder trabajar de forma más cómoda sobre esta lista de genes, aprovechando funcionalidades de la librería GenomicRanges.

La sintaxis es sencilla:

Vemos que le pasamos en el parámetro df el objeto data.frame que contiene la información que queremos convertir en GRanges.

Los siguientes campos son para indicar cromosoma, inicio de rango, final de rango, tipo  (en caso que no nos interese, podemos obviarlo, y añadir el parámetro ignore.strand=TRUE), y el último parámetro, keep.extra.columns lo ponemos a TRUE para que nos mantenga el resto de información asociada a cada uno de los rangos.

 

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